全基因组亚硫酸盐测序分析实战：从原始数据到甲基化可视化
本教程适用于课堂上的 Arabidopsis thaliana TAIR10 chr1 教学数据。 数据类型：single-end WGBS 参考文件目录：/public/home/bio2023/shiqc/dataforwgbs/ref 原始 reads 目录：/public/home/bio2023/shiqc/dataforwgbs/rawdata-0.1 环境名：wgbs 课前信息 联系方式（Teacher / TA） Teacher（翟继先）：zhaijx@sustech.edu.cn TA（石黔川）：12433080@mail.sustech.edu.cn 参考链接 IGV 下载：https://igv.org/download/html/oldtempfixForDownload.html 远程登录工具 MobaXterm：https://mobaxterm.mobatek.net/ FileZilla：https://filezilla-project.org/ 一、课堂数据来源与参考 WGBS / BS-seq / methylC-seq 在拟南芥中的经典开创性工作，可参考 Lister et al. 2008, Cell：Highly Integrated Single-Base Resolution Maps of the Epigenome in Arabidopsis。 本课堂实际使用的两个样本 SRR534177_colWT 和 SRR534239_met1 来自 Stroud et al. 2013, Cell：Comprehensive analysis of silencing mutants reveals complex regulation of the Arabidopsis methylome。 这两个 SRA 运行在 NCBI 中都标记为 Layout: SINGLE，因此本教程按单端 single-end 数据处理。 本教程的课堂化流程和部分命令写法，参考了 SAGC 的 WGBS 教学教程。 课堂提供的原始 reads 使用的是原始公开数据的 10% 子集，用于缩短课堂运行时间。 mindmap root((WGBS 教程总览)) 服务器准备 登录主服务器 进入计算节点 创建个人目录 激活 wgbs 环境 数据准备 检查 fa 和 gff3 复制 raw reads 生成 genes.bed6 原始数据处理 FastQC Trim Galore 比对与甲基化提取 Bismark 建索引 Bismark 比对 去重复和排序 甲基化提取 可视化与结果整理 bigWig 轨道 IGV 查看 deepTools profile gene region methylation profile "CG / CHG / CHH 扇形图" 本教程从登录服务器开始，依次完成原始 reads 质控、trimming、Bismark 比对、甲基化提取、bigWig 轨道构建、IGV 查看、gene region methylation profile 以及 CG / CHG / CHH 扇形图绘制。 ...